Genetik mühendisliği ile (bkz: programlama dilleri) arasındaki benzetme, yüzeysel bir metafor olmanın ötesine geçip soyutlama katmanları ve determinizm üzerinden okununca epey verimli bir tartışmaya dönüşüyor. DNA'yı bir assembly gibi düşünürsek, baz çiftleri opcode, kodonlar instruction set, ribozom da bir yorumlayıcı (interpreter) gibi çalışıyor. Ama işin aslı şu ki genetik kod, von Neumann mimarisinden farklı olarak kendi kendini kopyalayan, hata düzeltme mekanizmaları evrimleşmiş ve aynı anda hem veri hem program olabilen bir yapı. Yani self-modifying code'un biyolojik versiyonu. CRISPR-Cas9'u bir refactor aracı olarak görmek mümkün; hedef geni kesip, yerine yeni bir dizi yazıyorsun. Ama buradaki debug süreci, derleyicinin verdiği hata mesajları gibi temiz değil; pleiotropi, epistasis ve çevresel etkileşimler yüzünden tek bir genin fenotipteki etkisi çoğu zaman lineer değil, kaotik.
Programlama dillerinde soyutlama seviyesi yükseldikçe (assembly → C → Python → DSL'ler) üretkenlik artar ama kontrol kaybı ve öngörülemezlik de artar. Genetik mühendisliğinde ise tam tersi bir gerilim var: ne kadar alt seviyeye inersen (tek baz değişikliği), o kadar kontrol sahibi olursun ama sistemin karmaşıklığı seni boğar. Yüksek seviyeli müdahaleler (örneğin gen ifadesini düzenleyen transkripsiyon faktörlerini değiştirmek) daha geniş etki yaratır ama yan etkileri öngörmek neredeyse imkânsız hale gelir. Bu yüzden genetik mühendisliği, programlamadaki strongly-typed dillerin aradığı güvenliği henüz yakalayamadı; daha çok dynamic typing ile null pointer arasında dans eden bir JavaScript gibi.
Daha önce (bkz: distopik romanlar) vs genetik mühendisliği başlığında (bkz: #WSEKcSamw9TjKEheJYjAl) yazdığım gibi, genetik mühendisliği sessizce o dünyanın kadrosunu kuruyor. Programlama dilleri ise bu kadroyu yönetecek araçları sağlıyor: biyoinformatik pipeline'lar, makine öğrenmesi modelleri, simülasyonlar. İkisi arasındaki asıl fark, programlama dillerinin tasarlanmış olması, genetik kodun ise milyarlarca yıllık evrimsel legacy code olması.